Shotoku’nun ölümünden sonra Soga ailesi güç kaybetmiş, Fujiwara ailesi güçlenmeye başlamıştır. Bu ailenin güçlenmesiyle birlikte Japonya’daki manastır faaliyetleri, Çin etkisine girmiştir (Meyer, 2019, s. 38-39).
Nara döneminde (M.S. 710-M.S. 794) manastırlara olan devlet desteği artmıştır. Devlet adamları değişik zamanlarda manastırlara kapanmış, keşişler devlet kontrolünde çalışmalarda bulunmuştur. 741’de her eyalete en az 20 keşişin görev yapacağı bir manastır inşa etme emri verilmiştir. 752’de Toda-ji manastırı inşa edilmiş ve bu manastır diğer manastırların bağlı olduğu baş manastır ilan edilmiştir. Bu dönemde, devlet tarafından manastırları büyük bir güç haline getirecek İnkei ve İnsei sistemi uygulanmıştır. İnkei sistemi, manastırların büyük toprak bağışlarına sahip olarak zenginleşmesini, İnsei sistemi ise imparatorların manastırlara çekilip buradan devleti yönetmelerini sağlamıştır. Manastırların elde ettiği bu ekonomik ve siyasi güç, zamanla onların yozlaşmasına neden olmuştur. Dönemin ünlü keşişi Dokyo (M.S. 700-M.S.772), İmparatoriçe Koken (M.S. 749-M.S. 758) ile yakın ilişkiler kurarak tahtı ele geçirmeye çalışmış, bu durum Japonya’da kaosa neden olmuştur. Koken’in ölümünden sonra Dokyo sürgün edilmiş ancak keşişler Japon sarayında etkili olmaya devam etmiştir. Bu nedenle Nara’daki manastırların etkisinden kurtulmak isteyen devlet idarecileri, 794’te başkenti Nara’dan Kyoto’ya taşımıştır. Heian döneminde (M.S. 794-M.S. 1185) manastırların gelişimi devam etmiştir. Bu dönemin önde gelen keşişlerinden Saicho (M.S. 767-M.S. 822), 788’de Hiei Dağı’nda bir manastır kurmuştur. Devlet tarafından desteklenen Saicho, 804’te bir diğer önde gelen keşiş Kukai (M.S. 774-M.S. 835) ile birlikte Çin’e dinî eğitim almak için gitmiştir. Burada aldıkları eğitimler sonucunda Saicho Çin’deki Ti’en Tai okulunun uzantısı olan Tendai okulunu kurmuştur. Kukai ise döndükten sonra Koya Dağı’ndaki manastırında Çin’deki Chen-yen okulunun uzantısı olan Shingon okulunu kurmuştur. Nara döneminde uygulanan İnkei ve İnsei sistemi Heian döneminde de uygulanmıştır. Bu uygulama sebebiyle Hiei Dağı’nda çok sayıda manastır ortaya çıkmıştır. Sahip oldukları maddi varlıkları korumak ve daha fazlasını elde etmek isteyen manastırlar, kendilerine ait ordular kurmuş ve bu ordularla devlet işlerine müdahale etmişlerdir (Meyer, 2019, s. 62; Robinson ve Johnson, 1997, s. 245-247).
Kamakura döneminde (M.S. 1185-M.S. 1333), manastırlar daha da güçlenmiş ve merkezin dışına yoğunlaşmıştır. Bu dönemde Budizm, yeni kurulan manastır okullarının etkili faaliyetleri sayesinde kırsal kesimlere yayılmaya başlamıştır. Keşiş Honen (M.S. 1133-M.S. 1212), Jodo okulunu, onun öğrencisi Shinran (M.S. 1173-M.S. 1262), Jodo Shinsu okulunu, İppen (M.S. 1238-M.S. 1289), Jishu okulunu, Nichiren (M.S. 1222-M.S. 1282), Lotus okulunu, Eisai (M.S. 1141-M.S. 1215) ve Dogen (M.S. 1200-M.S. 1253), Zen okulunu kurmuştur (Keown, 2003, s. 124; Meyer, 2019, s. 78-81). Tibet’te manastır faaliyetleri, Çin ve daha çok Hindistan etkisinde gelişmiştir. Tibet’te ilk manastır, Kral Songtsen Gampo’nun (M.S. 609-M.S.649) himayesinde kurulmuştur. Kral, iki Budist eşini memnun etmek ve ülkesinde Budizm’in temellerini atmak amacıyla Jo-khang manastırını inşa etmiştir (Robinson ve Johnson, 1997, s. 273). Bir diğer önemli manastır Kral Trisong Detsen (M.S. 755-M.S. 797) tarafından 775’de inşa edilmiştir. Kral, Tibet’in önde gelen keşişlerinden Santaraksita (M.S. 725-M.S. 788) ve Padmasambhava (?) aracılığıyla Samye (Bsam yas) adlı manastırı inşa etmiştir. Santaraksita’nın öğretileri doğrultusunda bu manastıra 7 keşiş atanmış ve Samye manastırı, ilerleyen zamanlarda Tibet manastır hayatında büyük bir rol oynamıştır. Santaraksita ve Padmasambhava’nın gayretli
